I primi fondi librari a convergere nella neonata biblioteca sono stati quello antico della storica Biblioteca Mazza e quello moderno Mazza/Scapati, che, uniti, costituiscono più della metà del patrimonio librario (circa 23 mila volumi). Ubicata in appositi locali nella sede di Biogem e collegata al Servizio Bibliotecario Nazionale, tramite adesione al Polo SBN CAM, rete di cooperazione bibliotecaria coordinata dalla Regione Campania, si estende in tre sale, per complessivi 260 metri quadrati. In una di queste, contenente l’antico fondo Mazza con gli armadi e le scaffalature  provenienti dalla Biblioteca Mazza, si sviluppa un artistico soppalco di recente realizzazione.

Altri fondi librari di rilievo sono quelli del Centro Europeo di Studi Normanni e del professore Cuozzo, entrambi incentrati sulla storia medievale. Un fondo unico nel suo genere è quello di Mario Troso, interamente incentrato su volumi e pubblicazioni riguardanti il mondo delle guerre e delle armi. A questi si aggiungono il fondo multidisciplinare del dottore Minichiello e quello del professore Ragazzo di interesse prevalentemente scolastico-pedagogico. Di non minore importanza la sezione di spartiti, libri, manoscritti e dischi del maestro Nazzareno Carusi. Tra gli altri si segnalano: il fondo Biogem, consistente in pubblicazioni scientifiche di varia natura; il fondo Episcopo/de Troia, con interessanti volumi su Foggia e la Capitanata; il fondo Grasso, con numerose riviste e volumi specialistici di geologia; il fondo Muollo, composto principalmente da pubblicazioni di storia dell’arte e di storia locale; il fondo Puorro, con importanti enciclopedie e affascinanti pubblicazioni dell’editore Franco Maria Ricci. Arricchiscono, infine, la raccolta libraria i fondi Alterio, De Magistris, Gaglianò, Maturi, Pomicino, Romano, Serluca e Zecchino.
La Biblioteca della Fondazione Biogem, che ha già ospitato la presentazione di volumi di autori del calibro di Aldo Schiavone e Roberto Esposito e un convegno con studiosi internazionali organizzato dal Centro Europeo di Studi Normanni, si candida a diventare un punto di riferimento culturale per il comprensorio e una location d’eccezione per la presentazione di libri e la realizzazione di attività culturali, anche con il coinvolgimento delle scuole del territorio.